ボーイズタウン・コモンセンスペアレンティングのプログラム運営は、5つの認定団体が行っています。各認定団体では、米国ボーイズタウン上級指導教官から直接指導を受け、一定の基準に合格した管理者（プログラム・マネージャー）が、ボーイズタウン・コモンセンスペアレンティングプログラムの運営・管理を行っています。